Сюжет произведения основан на событиях эпохи Бакумацу.

Земля никогда не была центром вселенной. Ни в древние времена, ни в средневековье, ни сейчас. Люди всегда верили, но в то же время боялись, что за пределами Земли живет еще много других существ. В середине девятнадцатого века состоялся первый контакт с пришельцами — в Японии приземлились черные корабли инопланетян аманто. Они прибыли на Землю с целью ее захвата. Мечи самураев и ружья асигару оказались бессильны против технологий будущего, и сегунат подчинился власти аманто. Это привело к довольно странному смешению культур, когда почти невозможно провести четкую грань между прошлым, настоящим и будущим. Это мир, где мода и быт не изменились, самураи до сих пор пользуются катанами и верят в призраков. Но в тоже время, это мир, где вентилятор и приставка Дэнди считаются пережитками прошлого. Это безумный мир Гинтамы.

Когда страна стала открытой и доступной иноземным пришельцам, самураи обвинили Бакуфу в продаже государства и восстали, вопреки воле правительства начали войну с пришельцами. По этой причине испортились налаженные отношения с Аманто, поэтому Бакуфу пришлось подавлять вспыхивающие восстания самураев. С тех пор страна находилась в состоянии Гражданской войны. Помимо того, как война нарастала,  Тендошу начали постепенно подчинять себе Бакуфу под предлогом избавления от мятежников. Это привело к тому, что восстание Джои привело лишь к увеличению влияния Аманто над страной. Первая война Джои случилась двадцать лет назад, в ней самураи были разгромлены, но не сдались. Пока множество самураев добровольно бросали свои мечи, некоторые не сдавались и продолжали бороться, чтобы спасти одного из захваченных лидеров. Человеком, которого хотели спасти, был Ешида Шое – одно из альтер эго Уцуро. И его молодые ученики, взявшие в руки катану, стали последними самураями, которые возродили затухающие пламя Джои и породили новую волну восстаний: более жестокую и кровавую, вторую войну Джои (начавшуюся десять лет назад). Эта война также закончилась поражением самураев. Тогда Тендошу дало указ Бакуфу начать самую кровавую зачистку века, известную как зачистка Кансэй. Каждый из активистов Джои, будь то обычный подстрекатель или чиновник, считался частью чистки и подлежал казни. Суровые меры привели к резкому падению активности Джои. Ученикам не удалось спасти Шое, и он, как и другие, стал жертвой чистки Кансэй. Его казнили.

Джоишиши или Джои-патриоты - организация террористов Эдо. Революционеры, главной целью которой является уничтожение аманто, изгнание их из правительственных процессов и возвращение Страны самураев. Члены группировки Джои скрываются в различных местах и устраивают диверсии. Чтобы присоединиться к этой организации, вам придется пройти испытание, состоящее из трех этапов: собеседования, письменного теста и практической части.
Являются противниками Шинсенгуми, Мимаваригуми и Бакуфу в целом.

Когда аманто подмяли власть под себя, то сразу запретили ношение мечей. Самураи уже выказывали недовольство, а это нововведение только больше распалило их пыл. Таким образом возникла армия мятежников, что силой пыталась выдворить пришельцев с Земли. Силы не были равны, ведь армия аманто имела явные преимущества в численности и оснащении. Несмотря на безнадежность положения, самураи сражались яростно и свято верили в свою правоту, но восстания были быстро подавлены.
Спустя десять лет патриотический дух вновь взял верх и самураи снова выступили против аманто. Во временя второй гражданской войны особенно выделилась группа молодых людей, в которую входили Кацура Котаро, Такасуги Шинске, Саката Гинтоки (ученики Есиды Шое) и Сакамото Татсума. Они вступили в в террористическую группировку Джоишиши и, несмотря на молодость, они стали одними из самых значимых фигур в противостоянии. Но и эту войну не выиграли, потеряв в ней самого дорогого человека - своего учителя. Четверка друзей распалась вместе с поражением и утратой. Сакамото ушел раньше всех, сказав, что не может больше лицезреть смерть своих товарищей. Вскоре жизнь разбросала и остальных.

Когда интересы друзей разошлись и бывшие соратники один за другим покинули группировку, Кацура Котаро, решив пойти путем наименьшей крови, остался единственным лидером, и Джоишиши постепенно превратилось в более-менее безобидную революционную организацию Джои.
Несмотря на то, что война была и остается проигранной, Кацура  не сдался. Он твердо уверен в том, что изнать аманто - это не несбыточная мечта, а реальная возможность. Именно поэтому он возглавил остатки храброй и гордой армии Джои, которая на данный момент, к сожалению, больше походит на шайку бандитов. Хоть под началом Кацуры немало людей, он совершенно не умеет их организовывать. Как следствие, большинство операций (данные операции чаще всего являются недоразумением и направлены, в основном, против Шинсенгуми) проворачивает в одиночку. Пусть Кацура гордо именуется революционером, но не дотягивает даже до террориста, ибо никакого вреда, кроме головной боли, властям не приносит.

Включает в себя флот космических кораблей, принадлежащих Сакамото Татсуме. Неисправимый оптимист, он кажется на первый взгляд недалеким идиотом, а на самом деле куда дальновидней, чем его бывшие боевые товарищи. Он уверен, что будущее Земли - в ее сотрудничестве с аманто. Зачем воевать, если можно дружить? С этой целью он основал космическую торговую компанию. Персонал - бывшие рабы, которых Татсума однажды "освободил". Сакамото занимает должность главы компании, но, в основном, всем руководит Муцу, из-за склонности лидера к пропаданию без вести.

Специальная военная полиция, отвечающая за безопасность в Эдо. Подчиняется сегунату.
Ранее Шинсенгуми были деревенскими самураями, после переселения в Эдо их взял под свою опеку Мацудайра Катакурико. Так Шинсенгуми оказались на службе у сегуната с условием, что на них не будет распространяться запрет на ношение мечей, если они поклянутся в верной службе сегуну. Самураи считают их предателями, но зато они сытые, хорошо одетые и, самое главное, живые. Ребята суровые, к работе своей подходят ответственно, порой даже слишком. Последствия этой самой ответственности часто проявляются в виде разрушенных домов и жертв среди жителей города. Зато пойман очередной террорист.
Основные задачи Шинсенгуми, как правило, связаны с ликвидацией антиправительственных или террористических групп, а также регулярные уличные патрул, допрос и арест мелких преступников.
Командует полицией необычайно добрый и наивный человек - Кондо Исао. Только вот данный уникум думает больше о делах сердечных, нежели о делах государственных. Так что управляет всей бандой его заместитель, а именно Хиджиката Тоширо - брутальный трудоголик с майонезной зависимостью. Третьим по званию, точнее капитаном первого отряда, в их дружной компании является Окита Сого - подросток с ярко выраженными садистскими наклонностями. Все трое учились и выросли в одном додзе.
Несмотря на все свои заморочки, Шинсенгуми - неплохие ребята и отважные самураи, которые, как-никак, защищают сон жителей Эдо.

Самурайский отряд на службе сегуната.  Существовал одновременно с Шинсенгуми, выполняя те же функции – поддержание порядка и предотвращение антиправительственных выступлений. Отряд состоял в основном из высокопоставленных самураев из знатных семей и слуг феодалов. Отряд создан Мацудайрой Катамори с той же целью, что и Шинсенгуми - поддержание порядка в Киото, однако Мимаваригуми патрулировали территории вокруг императорского дворца и в местах проживания знати, в то время как Шинсенгуми занимались кварталами, в которых жили простые граждане. Командовал отрядом Сасаки Исабуро, вассал клана Айзу.

Вначале схема взаимоотношений выглядела так.
Когда Бакуфу стало марионеткой, то снискало всеобщее презрение. Джоиши поняли, что не могут оставить управление страной на попечение нынешней власти, посему претворили в жизнь серию терактов. Внутри самого Бакуфу оппозиционная фракция, ведя подковерные игры с целью отнять политическую власть у Токугавы Шигешиге и продвинуть кандидатуру Хитоцубаши Нобунобу, добавилась большого влияния. Прознав об этом, Такасуги Шинске из Кихейтая сблизился с командующим Мимаваригуми Сасаки Исабуро, и они стали сотрудничать во имя свержения нынешней власти.
В тоже время Такасуги, дабы сосредоточить в своих руках еще больше мощи, вступил в контакт с самым многочисленным преступным синдикатом во Вселенной, Космическими пиратами Харусаме, намереваясь воспользоваться их силой.

Кихейтай во главе с Такасуги планировал уничтожить Бакуфу и Тендошу, используя силу Космических пиратов Харусаме, однако их руководители, Старейшины, находятся под покровительством Тендошу и страшатся их, и потому никогда бы не посягнули на сферу влияния Тендошу. Тогда Такасуги, воспользовавшись внутренними разногласиями в организации, обособил 12 дивизий, реальную силу Харусаме, от влияния Старейшин и Адмиралов, дабы передать право командования над ними сильнейшей в Харусаме 7-й дивизии и затем заключить союз с ее капитаном, Камуи. Таким образом, Такасуги Камуи, игнорируя приказы Совета Старейшин, начали действовать по своему усмотрению.

С другой стороны Сасаки Исабуро, являясь частью фракции Хитоцубаши, целью которой было свержение политического режима, выступал посредником между Тендошу и Бакуфу и пытался отстранить послушную марионетку Тендошу, бывшего сегуна Токугаву Садасада, совершившего множество злодеяний в прошлом. Однако из-за своих действий Сасаки Исабуро стал помехой для отряда убийц Тенщоин Нараку, приспешников Тендошу. По иронии судьбы, его план обернулся успехом благодаря помощи былых врагов - Йорозуи и Шинсенгуми, а также потому, что нынешний сегун, Токугава Шигешиге, самолично отказался от покровительства Садасада и Тендошу. Однако по этой причине и без того сложние отношения фракции Хитоцубаши и Тендошу осложнились настолько, что тотальная война стала неизбежна.

Отказавшись от покровительства Садасада и Тендошу, сегун Шигешиге Оказался в изоляции и стал легкой мишенью для Такасуги, который произвел всеобщую мобилизацию Кихейтая, фракции Хитоцубаши и Харусаме, дабы заполучить голову сегуна. Однак Йорозуе, Шинсенгуми и Онивабаншу было вверено задание воспрепятствовать этому плану. Кроме того, Такасуги был предан Нобунобу, получив удар в спину от Тендошу, которые поддерживали Нобунобу. Поняв, что сделать из Шигешиге марионетку крайне сложно, еТендошу переманили на свою сторону Хитоцубаши Нобунобу, пообещав ему место сегуна, если он избавится от Такасуги и остальных союзников, которые ранее способствовали его продвижению. К тому же Тендошу объединили под своей властью отдалившиеся от Совета Старейшин вследствие произвола Камуи 12 дивизий и приказали им напасть на 7-ю дивизию. В результате организации Такасуги и Камуи понесли огромные потери и оказались на грани уничтожения.
Избежав убийства, Токугава Шигешиге намеревался бежать в столицу, где планировал собрать новые силы в противовес союзу Нобунобу и Тендошу, которые продвигали в массы идею о новом политическом режиме, однако его план был с легкостью пресечен.

Нобунобу, предав Такасуги и остальных своих союзников, занял пост сегуна. Сасаки Исабуро, притворившись сторонником режима, становится частью новой администрации. В то время как Нобунобу был увлечен истребление фракции бывшего сегуна, Сасаки продолжил провоцировать оппозиционные группировки на мятежи силами полицейских организаций, чтобы ослабить новое правительство. Таким образом, в обществе укрепляются реформистские настроения, и Шинсенгуми покидают Эдо, дабы собрать сторонников этих идей. Тем временем Нобунобу, ослепленный жаждой мести, предпринимает самостоятельные шаги по уничтожению повстанческих группировок, а Тендошу, устранив Совет Старейшин, берет под полный контроль 12 дивизий, тем самым превращая Харусаме в свой инструмент по уничтожению повстанческих группировок. Ради уничтожения Гинтоки и остальных, ныне терзаемых мыслями о судьбе Эдо, Тендошу наконец приходит в движение.

Теперь вы примерно представляете, как разворачивались события вплоть до 63-го тома.

Кабуки-чо - район дешевых и не очень развлечений в Эдо, больше похожий на трущобы. Здесь можно запросто встретить якудза, хоста или окаму, найти лав-отель или казино. Именно в нем происходит большая часть эфирного времени Гинтамы, так как Йорозуя располагается в Кабуки-чо.

В Кабуки существовало четыре короля, на авторитете и власти которых держался район.

• Отосе (Аяно Терада) - Императрица Кабуки-чо. Содержит небольшой бар, время от времени помогает потерянным людям и аманто. Очень уважаема и ее авторитет в районе не оспорим. Однажды приютила Широяшу и терпит его до сих пор, благодаря этому всегда стоит на застрахованной стороне и не нуждается в дополнительной защите.

• Токумори Сайго - Мадемуазель Кабуки-чо. Трансвестит, владелец кабарэ и банды трансвеститов. Герой войны с аманто (на поколение старше Гинтоки), дает приют таким же повстанцам-изгоям. В прошлом был легендарным воином-сумоистом, который голыми руками расправлялся с толпами вражин.

• Доромизу Джирочо - Великий рыцарь Кабуки-чо. Был боссом группировки якудза, добровольно отошел от дел после того, как нашел свою дочь и решил проводить с ней больше времени.

• Када - Павлинья принцесса Кабуки-чо. Аманто, бывший капитан 4-ой дивизии харусаме, возглавляла кланы Ято и Дакини. Сбежала на Землю с огромными суммами из казны Харусаме, открыла игорные магазины и казино в районе Кабуки, хотела повлиять на район деньгами. Планировала развязать войну между остальными боссами и занять квартал кабуки. Когда ее план провалился, попалась в руки Камуи и была отправлена в тюрьму.

После Арки четырех королей Кабуки остались только Отосе и Сайго. Позже к ним прибавилась Отае (Шимура Тае), старшая сестра Шимура Шинпачи, - одна из лучших хостесс в Кабуки-Чо.